原位杂交技术（in situhybridization）是以标记的核酸分子为探针，在组织细胞原位检测特异核酸分子的技术。使含有特异序列、经过标记的核酸单链即探针，在适宜条件下与组织细胞中的互补核酸单链即靶核酸发生杂交，再以自显影或细胞化学方法对标记探针进行探测，从而在细胞原位显示特异的DNA或RNA分子。
可以检测cRNA、miRNA、LnRNA、DNA。可以各种种属的标本，包括哺乳动物、爬行动物、菌、植物标本。也可以检测组织芯片。
植物染色体原位杂交是一种重要的分子生物学技术，它可以用来研究植物基因组的结构和功能。该技术利用DNA探针与目标DNA序列的互补性结合，通过荧光或性标记来检测目标DNA序列在染色体上的位置和数量。
植物染色体原位杂交技术的基本原理是将DNA探针标记上荧光或性同位素，然后将其与目标DNA序列进行杂交。在杂交过程中，探针与目标DNA序列互补结合，形成稳定的双链DNA分子。随后，通过荧光或性同位素探测技术，可以检测到目标DNA序列在染色体上的位置和数量。
原位杂交技术还在以下生物领域有应用：
生态学和环境科学：在生态学和环境科学领域，原位杂交技术可以用于研究生物与环境之间的相互作用。例如，通过标记特定基因的探针，可以检测环境中微生物种群的分布和变化，进而研究其对环境的影响和作用。
进化生物学：在进化生物学领域，原位杂交技术可以用于研究物种之间的遗传差异和进化关系。例如，通过比较不同物种之间基因序列的差异，可以揭示物种之间的亲缘关系和进化历程。
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